İnsan ırkının gelecekte Dünya üzerindeki yaşam alanı kısıtlanınca, uzayda koloniler kurmaya başlarlar. Bunun ertesinde ortaya çıkan uzaylı düşman 'Victim', tek tek insanların yaşamakta oldukları gezegenleri ve kolonileri yok etmeye başlarlar. Bir süre sonra geride sadece tek bir gezegen kalır 'Zion'.
İnsanoğlu ellerinde kalan bu son gezegenlerini savunmak için, Ingrid (namı diğer Goddess - Tanrıça-) adındaki robotları kullanıp, Victim ile savaşabilecek asker yetiştirmek üzere, GOA adında bir okul kurarlar. Ancak Ingrid'lere pilotluk yapabilmek için, oldukça nadir bulunan bir kan grubuna ve de EX adı verilen özel bir güce sahip olmak gerekmektedir. İşte bu nadir özelliklerin ikisine de sahip olan Zero Enna, pilot eğitimi almak üzere GOA'ya gelir. Daha gelmesinin üstünden fazla bir zaman geçmemiştir ki, kendini kazara bir Ingrid'in (Eeva-Leena) içinde bulur.