Yıl 2003, eski Hababam Sınıflarının okulu olan Özel Çamlıca Lisesi hala eğitim ve öğretime devam etmektedir. Okul sahibi vefat etmiş, okulu oğlu Deli Bedri (Mehmet Ali Erbil) tarafından işletmektedir. Okuldaki Hababam geleneği de tüm hızıyla devam etmekte ve okuldaki tüm öğretmenler bu sınıftaki öğrencilerin binbir türlü oyunlarından yılmış kaçacak yer arar olmuşlardır. Tüm bunları fırsat bilen Deli Bedri lakaplı okul sahibi okulu kat karşılığı müteahite satıp yerine plaza yapılmasını arzulamaktadır. Onun bu hayalinden haberdar olan okul müdiresi Fatoş Hoca (Hülya Kocyiğit) okulun satılma bahanesi olan Hababam Sınıfı ile mücadele edebilmek için eski Hababamcılardan yardım ister. Tulum Hayri (Cem Gürzap), Hayta İsmail (Ahmet Arıman) ve Güdük Necmi (Halit Akçatepe) aralarında konuşur ve Güdük Necmi’yi okula sahte Rehberlik Öğretmeni olarak yollamaya karar verirler.

Okula elinde sahte belgelerle gelen Güdük Necmi bir süre sonra Hababam Sınıfı’na gerçek kimliğini açıklar ve Hababamcılarla işbirliği yaparak Deli Bedri ile mücadele etmeye başlarlar. Sınıfın içinde ise yeni tiplemelerimizi görürüz. Sınıfın yakışıklısı Matkap Emre (M. Ali Alabora), her gece herkes uyuduktan onra okuldan kaçmakta ve sabaha karşı geri gelmektedir. Sınıf arkadaşları ise onun çok çapkın olduğunu düşünmekte ve dışardaki yaşadıklarını merak etmektedirler . Emre’nin aşık olduğu sevgilisi Arzu ise Emre’nin kendisi dışında neler yaptığını merak eder ve erkek kılığında okula kayıt yaptırır. Kız İsmail lakabı takılan Arzu’nun en büyük yardımcısı ise okul sahibi Deli Bedri’nin Hababam Sınıfı’nda okuyan oğlu Casus Ercü (Şafak Sezer)’dür. Olaylar Deli Bedri’nin okulu sattığını söylemesiyle tırmanır ve herkesi çok büyük bir bir süpriz bekler.