Anderson üç çocuğun ortancası olarak Houston, Teksas'ta dünyaya geldi. Babası, Melver Leonard Anderson bir reklamcıydı. Annesi ise şu anda emlak danışmanlığı yapan aslında bir arkeolog olan Texas Ann Burroughs'tur.

Yönetmen, Westchester Lisesi'ni bitirdikten sonra ikinci filmi Rushmore'u da çektiği, Houston'da özel bir okul olan St. John's School'a devam etti. Tıpkı Rushmore 'un başkarakteri Max Fischer gibi, Anderson da St. John's'un şu anda yıkılmış olan Hoodwink Tiyatrosu'nda oyunlar sergiledi.

Anderson, Teksas Üniversitesi'nde felsefe okurken Owen Wilson ile tanıştı. Daha sonra uzun metrajlı olarak çektiği Bottle Rocket'ın kısa film versiyonu ile yapımcı James L. Brooks'un ilgisini çeken ikili, Brooks'un yardımı ile bu kısa filmlerini Sundance'e gönderdiler ve Sundance'de filmin uzun versiyonunu çekebilecek fonu buldular.

Şu günlerde hem New York'ta hem de Paris'te yaşayan yönetmenin yakın arkadaşları arasında film yapımcısı Noah Baumbach, aktör/senaryo yazarı Owen Wilson ve Sofia Coppola geliyor. Erkek kardeşi Eric, Anderson'un filmlerinde sahne tasarımcısı olarak çalışıyor. Diğer erkek kardeşi Mel ise bir doktor.

• The Fantastic Mr. Fox 2008 - Senarist, Yönetmen
• Darjeeling Limited 2007 - Yönetmen, Yapımcı, Senarist
• Hotel Chevalier 2007 - Yapımcı, Senarist, Yönetmen
• Mürekkep Balığı Ve Balina 2005 - Yapımcı
• Suda Yaşam 2004 - Senarist, Yönetmen
• Suda Yaşam 2004 - Senarist, Yönetmen, Yapımcı
• Tenenbaum Ailesi 2001 - Senarist, Yönetmen
• Bottle Rocket 1996 - Senarist, Yönetmen
• Çılgın Liseliler 1993 - Yönetmen, Senarist